El Laboratorio Biomédico Nacional y de Referencia, en su rol dirigido a los laboratorios clínicos y Servicios de Sangre, desarrolla una amplia gama de procesos todos los cuales contribuyen al cuidado de la salud pública del país. Para cumplir este propósito, lleva a cabo diversos programas de referencia de exámenes estratégicos con fines confirmatorios o de centralización de la información con valor en la vigilancia epidemiológica, desarrolla protocolos de diagnóstico, implementa metodologías de vanguardia, realiza transferencia tecnológica e investigación aplicada. A su vez, efectúa evaluación técnica de reactivos de diagnóstico usados en servicios de sangre y desarrolla un Programa de Evaluación Externa de Calidad. Adicionalmente, capacita y supervisa a los Laboratorios Clínicos, Servicios de Sangre y Laboratorios de Entomología, fiscaliza en los ámbitos de su competencia, produce líneas celulares y kits de diagnóstico.

Estos procesos se llevan a cabo al amparo de un sistema de gestión de la calidad avalado por una tercera parte, a través de acreditaciones y certificaciones vigentes.

El laboratorio de referencia del ámbito biomédico es reconocido como laboratorio oficial del país para los efectos de colaboración internacional o en la integración de redes supranacionales de referencia y vigilancia de laboratorio, siendo la contraparte local para los organismos internacionales como OPS/OMS.