Dada la importancia de realizar una vigilancia entomológica, en las zonas de mayor riesgo para la transmisión de las enfermedades vectoriales, en el año 2003 se inicia el trabajo del Laboratorio de Referencia de Entomología, orientado a apoyar al Ministerio de Salud (Departamento de Salud Ambiental, División de Políticas Públicas) en los Programas Nacionales de Control Vectorial de la Enfermedad de Chagas y en el de Vigilancia, Prevención y control de Aedes aegypti, en el fortalecimiento de la vigilancia entomológica mediante prospecciones entomológicas,  desarrollo de estudios de insectos de importancia médica, además de realizar supervisiones y capacitaciones, a los laboratorios o áreas de manejo de muestras entomológicas de las SEREMIs de salud.

El trabajo de laboratorio está orientado principalmente a estudios taxonómicos, biológicos y moleculares, de insectos del grupo de los Culícidos (zancudos o mosquitos), de los géneros Anopheles, Aedes y Culex, debido a su importancia como transmisores de enfermedades tales como; Malaria, Fiebre Amarilla, Dengue y West Nile, en esta misma área se desarrolla la estandarización de una crianza de culícidos y la mantención de una colección entomológica, así como la búsqueda de huevos de Aedes aegypti en ovitrampas.

Otra de las principales líneas de trabajo corresponde a los triatominos (vinchucas) transmisores de la enfermedad de Chagas en Chile, donde se realiza la identificación taxonómica y la detección de Trypanosoma cruzi.

En nuestro interés de contribuir con el  desarrollo de estrategias de control, para disminuir la incidencia de enfermedades causadas por la transmisión de patógenos por insectos vectores de importancia en Salud Pública, esta unidad cuenta con el equipamiento e infraestructura necesaria para la realización de ensayos tanto a nivel de campo como, pruebas biológicas de laboratorio y genéticas para determinar la resistencia a insecticidas, además de la realización de técnicas de detección de arbovirus en mosquitos. Incorporando también estudios biológicos y genéticos para la identificación del grupo Acari (garrapatas) dada su importancia como artrópodos vectores de enfermedad de Lyme y Ehrlichiosis, entre otras.

El laboratorio de referencia realiza la prestación denominada: