El Laboratorio Nacional de Referencia de Bacteriología, incluido Tuberculosis y otras Micobacterias, realiza el diagnóstico, confirmación y la vigilancia de laboratorio para todos aquellos agentes de importancia en Salud Pública de acuerdo a lo indicado en el Decreto Supremo 7/2019 “Reglamento sobre Notificación de Enfermedades Transmisibles de Declaración Obligatoria y su Vigilancia” y el cumplimiento del “Programa Nacional para el Control y la eliminación de la Tuberculosis” (PROCET). Adicionalmente, en el año 2000, el Laboratorio de Micobacterias fue designado laboratorio de referencia supranacional para pruebas de susceptibilidad antituberculosas por OPS/OMS, para los países de la Región de las Américas.
Para los análisis microbiológicos y moleculares, el laboratorio de referencia utiliza cepas bacterianas y muestras clínicas, a través de los cuales cumple un rol importante en el estudio de la resistencia antimicrobiana, de acuerdo al Plan Nacional contra la Resistencia a los Antimicrobianos, MINSAL 2017. Así mismo, el Laboratorio de Referencia de Genética Molecular realiza los análisis moleculares y bioinformáticos en apoyo a la vigilancia de las enfermedades infecciosas de importancia en salud pública.
En el ámbito del apoyo al control del diagnóstico de laboratorio, el laboratorio de referencia de Bacteriología, evalúa técnicamente los reactivos comerciales usados para el tamizaje de sífilis, previo a su comercialización en el país, para lo cual los proveedores de estos kit, deben solicitar esta evaluación técnica, a través del área de Dispositivos Médicos y cumplir con los requisitos establecidos para este fin. Los laboratorios y servicios de sangre deben usar los ensayos comerciales recomendados por el ISP.
Así también, el ISP organiza el Programa Evaluación Externa de la Calidad (PEEC) de Bacteriología dirigido a los laboratorios clínicos públicos y privados.
Los laboratorios de referencia de agentes bacterianos en los distintos ámbitos de competencia son: Laboratorio de Agentes de Enfermedades Transmitidas por Alimentos (ETA), Laboratorio Infecciones Asociadas en Atención de Salud (IAAS), Laboratorio de Agentes de Meningitis Bacteriana, Laboratorio de Infecciones de Transmisión Sexual (ITS), Laboratorio de Agentes Emergentes y Zoonosis, Laboratorio de Microbiología Molecular, Laboratorio de Nacional de Tuberculosis y Micobacterias y complementado por el Laboratorio de Referencia de Genética Molecular.