En el área de análisis químicos de alimentos, cumple la función de ser el laboratorio nacional y de referencia en análisis bromatológicos y toxicológicos en muestras que provienen de programas de vigilancia internos, ministeriales, brotes de intoxicación, alertas alimentarias y/o proyectos de investigación. Además, asesora técnicamente y en gestión de calidad a los Laboratorios de Salud Pública y a la Autoridad en Salud.

Las metodologías implementadas para la determinación de residuos de plaguicida, medicamentos veterinarios,  marea roja, micotoxinas, contaminantes metálicos, alérgenos, gluten y nutrientes críticos, entre otros, son realizados por personal altamente competente.

Los resultados obtenidos tanto en la detección y cuantificación de contaminantes y residuos como etiquetado nutricional, generan información científicamente válida para la toma de decisiones de la autoridad de salud en temas de contaminación química de alimentos y su composición nutricional.